Das Problem war ganz einfach, manuell dürfen einige wenige Berechtigte aus guten Gründen Cronjobs abstellen. Damit aber am nächsten Tag der Cronjob wieder läuft braucht man ein (nicht-abstellbaren) Cron Jobs, der alle anderen Cronjobs wieder anstellt. Glücklicherweise gibt es da die Schnittstelle Config::Crontab und so sind dies nur ein paar Zeilen(via CPAN bzw. man Config::Crontab):

#!/usr/bin/perl
use Config::Crontab;
my $ct = new Config::Crontab;
$ct->read; # alle crons auslesen a.k.a. crontab -l
$_->active(1) for $ct->select(-command_re => '/usr/local/bin/command'); # zeile vervielfachen fuer andere befehle
$ct->write; # alle crontabs schreiben, nicht vergessen!

Der gewünschte, nun wieder aktive Befehl ist /usr/local/bin/command.