In der Doku, die gerade nicht verfügbar ist, da sie auf sourceforge liegt, ist ein Fehler. Der Upload via SFTP mit der phpseclib funktioniert auf 2 verschiedene Weisen folgendermaßen:

$sftp->put($destinationFilename, file_get_contents($sourceFullFilePath));


oder


$sftp->put($destinationFilename, $sourceFullFilePath, NET_SFTP_LOCAL_FILE);