Ich habe ein kleines PHP-Skript geschrieben, was aus einer Scuttle Installation die Bookmarks ausliest und in die Owncloud Bookmark App einfügt.
In der jetzigen Version wird nur MySQL (noch kein SQLite) unterstützt und aus einem mir nicht erklärlichen Grund funktionieren die Tags nicht. Vielleicht kommt ja jemand dahinter.
Den Quellcode findet man auf github.