Woran auch immer es liegt, mit manchen Servern oder FTP-Clienten kann man die .htaccess nicht sehen. Im FileZilla soll es angeblich eine Funktion geben, die versteckte Dateien freischaltet, diese hab ich jedoch nicht gefunden. Über commandline ftp bzw. Shell bei Linux kann man sie sehen, auch runterladen und hochladen, jedoch die Rechte nicht verändern. Nun gibt es diverse WebFTP Dienste, die die .htaccess sichtbar machen und mit denen man auch mittels CHMOD die Rechte ändern kann.
update: Unter Server/Auflistung versteckter Dateien erzwingen kann man eben jene Funktion anstellen(Danke an justiceforall)